Перші відомості про існування великого Кабінету натуральної історії при Львівському університеті належать до 1784 року, коли ;Університет зайняв великий комплекс будівель після Тринітарів, наприкінці вулиці Краківської, розташованих перед краківською брамою: «Nadto było tu 20 sal, wielki Gabinet historyi naturalnej». Перша згадка про завідувача Кабінету датована 1805 року. Ним був професор Бальтазар Гакет.
1816 року на роботу до Університету прийшов професор Франц Дівальд, завдяки якому 1823 року для Кабінету натуральної історії отримано деякі дублети з імператорських колекцій у Відні. Крім того, було видано розпорядження урядам краю, лісів, гір та іншим надсилати цікаві природничі знахідки до колекцій Кабінету.
Пізніше кафедрою і музеєм керував професор Михаїл Штекер, який систематизував й інвентаризував 8000 предметів.
Під час листопадового повстання 1848 р. згорів університетський будинок…. Тому в січні 1850 року університет мав 13 приміщень, де був розташований Кабінет натуральної історії.
У 1851 році Університет перенесли в будівлю на вулиці Святого Миколая (нині – Грушевського, 4).
1852 року на філософському факультеті Львівського університету було створено кафедру зоології, завідувачем якої був Максиміліан Шмідт. Серед наукових інститутів другої половини 50-х – початку 70-х років XIX ст. був і Зоологічний музей.
Практично півстоліття Кабінет натуральної історії слугував доброю навчальною та науковою базою, але колекції його поповнювалися лише випадковими надходженнями у вигляді подарунків. Ситуація змінилася з приходом на роботу до Львівського університету видатного вченого, професора Бенедикта Дибовського. Працюючи на посаді завідувача кафедри зоології, він одночасно керував і Кабінетом, де й розмістив свої численні збори, які привіз із Далекого Сходу, Камчатки, Східного Сибіру й інших місць. За клопотанням Б. Дибовського і відповідно до наказу Ректора Університету від 25.02.1885 р. для створення Зоологічного музею до Кабінету натуральної історії було передано три зали і коридор. Таким чином, для експозиції було отримано цілих п’ять залів. Музей успішно розвивався, а колекції поповнювалися шляхом збору експонатів під час експедицій, подарунків від різних осіб та учнів Дибовського, його наступників.
1889 року музей отримав у подарунок від графа Дідушицького колекцію мушель морських молюсків, чим збагатив свої збори. Наукові дослідження на той час велися в тісній співпраці з Інститутом океанографії в Монако і першими європейськими Біологічними станціями в Неаполі та Трієсті. Наприкінці ХІХ – початку ХХ ст. музей збагатився мушлями молюсків, різноманітними голкошкірими та рибами з Червоного, Адріатичного та Середземного морів, зібраними експедицією принца Монако і працівниками біологічних станцій протягом 1886-1903 рр.
У 1904 р. музейні колекції збагатилися одним із найцінніших своїх експонатів – скелетом Стеллерової корови, винищеної людьми до 1768 р. Скелет був отриманий від вдячних Б. Дибовському за безкоштовне лікування мешканців о. Берінга. У музеях світу зараз зберігаються всього 27 таких скелетів.
На початку ХХ ст. завдяки значному науковому підйому фонди Зоологічного музею було поповнено колекціями цикад і клопів Е.-Ф. Гермара, метеликів Європи О. Штодінгера. У 1935-1936 рр. професор Ян Гіршлер здійснив експедицію в Ліберію і збагатив музей зоологічними зразками з Африки.
Під час Другої світової війни Зоологічний музей пережив часи запустіння. Були обмежені всі роботи з колекціями, що призводило до недогляду та руйнування останніх. Відновлення діяльності Університету, а відповідно й Музею, розпочалося відразу ж після звільнення Львова, активізувалися роботи зі збору колекцій у Карпатах, Криму та на Поліссі.
Повноцінна робота відновлюється 1 квітня 1951 р., коли згідно з наказом Ректора Університету, професора Є. Лазаренка призначено День відкритих дверей у Зоологічному Музеї.
11 лютого 2004 р. згідно з розпорядженням Кабінету Міністрів України № 73-Р до реєстру об’єктів, що становлять Національне надбання було внесено «Наукові фонди та музейну експозицію Зоологічного музею Львівського національного університету імені Івана Франка».
У 1952 р. музей отримав унікальний подарунок від Марії Водзіцької, дружини відомого львівського мандрівника Єжи Водзіцького, яка передала колекцію африканських тварин і рогів антилоп, зібрану чоловіком протягом 1909-1910 рр. на території Східної Африки, а також колекцію рогів козлів і баранів із Тянь-Шаню (1913 року).
Упродовж 1944-1970 років завідувачем кафедри зоології, професор В. Здун на території західних областей України зібрав колекції прісноводних молюсків. Перші офіційні експедиції було започатковано у травні 1953 р., зокрема у Дрогобицькій і Львівській областях.
1955 року професор Ф. Страутман та член-кореспондент АН УРСР Є. Лазаренко звертаються в Управління китобійної флотилії «Слава» до капітан-директора О. Соляника з проханням знайти для музею скелет одного з видів китів, і 1956 року музей отримує – скелет кашалота.
У 1957-1962 рр. – експедиції у Крим, в Карпати і Закарпаття, Волинь і Тернопільщину, на Кавказ, у Туркменію. 1966 р., знову відбулися експедиції на Кавказ, у Крим та Карпати. У 1972 р. – на територію Таласького Алатау, а протягом 1974-1997 рр. – у Казахстан, на Алтай, у Курган і Ханти-Мансійськ.
Найвідоміші постаті, які поповнили на той час фонди музею стали: професор Ф. Страутман і доцент Н. Сребродольська (іменні колекції), доцент Н. Полушина, старший науковий співробітник В. Туркевич. Зоологічні зразки зібрано у Прикарпатті, Карпатах, Закарпатті, на Поліссі та Волино-Поділлі, у Запорізькій, Одеській та Ворошиловградській областях (нині Луганська), в Криму і на Кавказі, в Казахстані й Туркменії, Росії та Монголії.
У 70-80-і рр. ХХ ст. музейні колекції збагатили прекрасними метеликами з Японії, Далекого Сходу, Паміру, Кавказу й Австралії.
Станом на початок 1997 р. в музеї здійснено спробу провести огляд та інвентаризацію всіх музейних предметів. Процес повної інвентаризації триває й до нині. Протягом перших 10 років оглянуто, впорядковано і внесено зміни в експозиції всіх залів музею.
1999 року учасники чергового засідання Ради музею обговорювали питання публікації першого за історію його існування каталогу колекцій, зокрема «Рідкісних та червонокнижних тварин колекцій Зоологічного музею».
У жовтні 2001 р. відбулося засідання Ради музею, яке рекомендувало до друку другий каталог… У 2003 р. довідкова інформація про Зоологічний музей була включена до 9-го видання Каталогу музеїв світу (Лейпциг, Німеччина) і з того часу щорічно публікується в кожному наступному виданні. У тому ж році опис орнітологічної колекції музею ввійшов до огляду основних Європейських колекцій птахів.
У квітні 2003 р. музей відвідала комісія з Державного комітету архівів України, яка перевірила стан збереження та обліку документів музею, оглянула умови збереження музейних предметів. Висновки комісії щодо роботи нашого музею, були позитивними.
11 лютого 2004 р. згідно з розпорядженням Кабінету Міністрів України № 73-Р до реєстру об’єктів, що становлять Національне надбання було внесено «Наукові фонди та музейну експозицію Зоологічного музею Львівського національного університету імені Івана Франка».
2005 року орнітологічну та малакологічну колекції Музею поповнили цікавими зборами з Північно-Східної Африки (Середньої Дельти Нілу) та зборами з Луганського степового заповідника.
Музей, як державну установу, з природничим профілем, зареєстровано при Управлінні культури і туризму Львівської обласної державної адміністрації системи Міністерства культури і туризму України 2007 року.
Завдяки польовим виїздам доцента кафедри зоології Ігоря Дикого на Українську Антарктичну станцію Академік Вернадський 2007 року, музейну колекцію поповнили 335 зразків з Антарктики.
Сьогодні колекції Зоологічного музею ЛНУ ім. Івана Франка налічують близько 180 тисяч зразків світової фауни. 27 грудня 2012 р. наказом № 189 Управління культури Львівської обласної державної адміністрації, Зоологічному музею Львівського університету присвоєно звання «Народний музей».
Ігор Шидловський,
завідувач Зоологічного музею