Фонди музею відображають минуле і сучасний стан розвитку Львівського національного університету імені Івана Франка як освітнього, наукового та культурного закладу. Найцінніші експонати – дипломи випускників і науковців з часів Австро-Угорської імперії, Польської держави та Радянського Союзу, різноманітні документи й особисті речі визначних людей, рукописи та видання наукових праць, нагороди заслужених діячів освіти, науки та культури, колективів художньої самодіяльності та спортивних команд, твори живопису, скульптури, фотографії, наукові прилади та інші предмети, пов’язані з історією alma mater.
Музей координує свою діяльність з навчальними програмами історичного факультету, студенти й викладачі якого використовують музейні матеріали для написання курсових і дипломних робіт, дисертацій. Співробітники музею проводять екскурсії, надають консультації всім, хто досліджує розвиток науки й освіти, вивчає історію Університету.
Нині експозиція Музею історії Університету на завершальному етапі реконструкції, облаштовують фондосховище.
